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SBC ToolBox單細胞分析模塊上新組件了

上海生物芯片 ? 來源:上海生物芯片 ? 2023-07-14 16:45 ? 次閱讀

Arrow 展示組件

給您的UMAP & t-SNE 圖加箭頭坐標,讓你的UMAP展示添加幾分靈動,不再那么的枯燥無味。

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自由定義類群顏色進行展示;是不是看到選顏色已經手足無措了,不用擔心, SBCToolBox默認采用ggsci的配色,不去自定義顏色您的圖形展示也一樣可以清新脫俗;如果覺得還不滿意,您可以跳轉到https://www4.shbiochip.com/V2023/ColSp/ 網站去篩選您中意的顏色搭配,讓您的可視化結果更上一層樓。

46762bb2-2221-11ee-962d-dac502259ad0.png

上新第二彈

差異計算模塊組件

單個類群與其他類群的差異比較分析添加TopN基因篩選,可控范圍內自由調節,篩選出每個類群的高表達marker基因,助您快速注釋細胞類型。

4698db1c-2221-11ee-962d-dac502259ad0.png

添加指定類群間的差異篩選,您有多個樣本的數據,想看下同一類群中不同樣本間的差異,用這個就夠了,可以幫您快速篩選出指定類群間的差異marker。

46ce5e0e-2221-11ee-962d-dac502259ad0.png

上新第三彈

篩選目標類群組件

根據信息預覽的meta.data信息,篩選出目的Cluster或者目標樣本,將目的細胞提取出來保存,如果是多個樣本,也可以根據樣本情況對數據進行拆分并保存。

46e62214-2221-11ee-962d-dac502259ad0.png

上新第四彈

FeaturePlot 按列調整

根據基因展示數量情況,調整基因展示的列數,以達到FeaturePlot多行展示的目的。

46fe30ca-2221-11ee-962d-dac502259ad0.png

上新第五彈

meta信息添加

您已經對每個Cluster做好了細胞類型注釋,您可以先使用SBCToolBox的表格處理模塊對您的meta數據進行合并注釋得到每個細胞barcode和細胞類型的注釋表格,如下圖:

鏈接:

https://www4.shbiochip.com/V2023/Sht/ShtC/

4721ad52-2221-11ee-962d-dac502259ad0.png

提交到注釋信息添加組件上,就可以輕松添加注釋信息。您的項目有多個樣本,對其進行分組,也可以通過上述方式進行注釋,注釋預覽如下,注釋完成,您可以下載rds文件進行下一步分析。

4738de28-2221-11ee-962d-dac502259ad0.png

完成細胞注釋后的展示:

這里需要重新提交注釋并保存的rds文件。修改默認展示標簽,即可完成分析,下圖展示了注釋完結果后的UMAP圖及新的細胞類型與樣本間的比例情況。

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原文標題:SBC ToolBox 單細胞分析模塊上新組件了

文章出處:【微信號:SBCNECB,微信公眾號:上海生物芯片】歡迎添加關注!文章轉載請注明出處。

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