電源變換器的電磁兼容性設計上在輸入端加EMI濾波器以減小輸入反射紋波電壓對航天器電源系統的影響，在輸出端加濾波電路減小輸出紋波和噪聲對用電設備的影響，電源變換器脈寬調制器的振蕩頻率應盡量與負載設備的工作頻率進行協調后選定。電源變換器內部的布線、隔離、接地都應以電氣系統電磁兼容性原則為依據進行設計。